Pseduocount 매개 변수입니다. 0을 지정하면 최소 길이 설명 원칙(PMID 19088134)을 통해 매개 변수가 자동으로 결정됩니다. 최소 길이 원리가 구현되기 전에 대략적인 동작을 얻기 위해 30값을 제안합니다. 검색에 대해 실행할 시퀀스 데이터베이스를 선택합니다. BLAST 데이터베이스에 NCBI의 모든 시퀀스가 포함되어 있지 않습니다. BLAST 데이터베이스는 정보 콘텐츠(nr, RefSeq 등)또는 시퀀싱 기술(WGS, EST 등)별로 구성됩니다. 더… 찾아보기 버튼을 사용하여 로컬 디스크에서 파일을 업로드합니다. 파일에는 단일 시퀀스 또는 시퀀스 목록이 포함될 수 있습니다. 데이터는 데이터베이스 액세스 번호, NCBI gi 번호 또는 FASTA 형식의 시퀀스 목록일 수 있습니다. 임의 모델에서 예상되는 확률 일치 횟수입니다. 더…

예상 값 자습서 Entrez 쿼리 구문을 사용하여 선택한 BLAST 데이터베이스의 하위 집합을 검색할 수 있습니다. 이는 검색을 분자 유형, 서열 길이로 제한하거나 유기체를 제외하는 데 도움이 될 수 있습니다. 더… 텍스트 상자에 입력을 시작한 다음 택시를 선택합니다. “더하기” 버튼을 사용하여 다른 유기체 또는 그룹을 추가하고 “제외” 확인란을 사용하여 하위 집합을 좁힐 수 있습니다. 검색은 하위 집합에 해당하는 데이터베이스의 시퀀스로 제한됩니다. 쿼리 시퀀스의 하위 범위에 대한 좌표를 입력합니다. BLAST 검색은 범위의 잔류물에만 적용됩니다. 시퀀스 좌표는 1부터 시퀀스 길이까지입니다. 범위에는 To 좌표의 잔류물이 포함됩니다.

더… 선형에서 간격을 작성하고 확장하는 비용입니다. 더… 단어 크기 및 기타 매개 변수를 자동으로 조정하여 짧은 쿼리에 대한 결과를 개선합니다. 선형을 시작하는 시드의 길이입니다. 더…. 스퓨리어스 또는 오해의 소지가 있는 결과를 초래할 수 있는 낮은 구성 복잡성의 마스크 영역. 더… 스퓨리어스 또는 오해의 소지가 있는 결과를 초래할 수 있는 지정된 종의 반복 요소를 마스킹합니다. 더… 표시할 정렬된 시퀀스의 최대 수입니다(실제 정렬 수가 이보다 클 수 있음).

PSI-BLAST 반복에서 이전에 다운로드한 위치별 점수 매트릭스(PSSM)를 업로드합니다. PSSM을 생성하는 데 사용된 데이터베이스와 다른 데이터베이스를 검색할 수 있지만 동일한 쿼리를 사용해야 합니다. 더… 기지 매칭 및 불일치에 대한 보상 및 페널티. 더… 위쪽 텍스트 상자에 하나 이상의 쿼리와 아래쪽 텍스트 상자에 하나 이상의 제목 시퀀스를 입력합니다. 그런 다음 페이지 하단의 BLAST 버튼을 사용하여 시퀀스를 정렬합니다. 출력에서 CDS 추가를 얻으려면 쿼리 또는 제목에 대해 NCBI 액세스 또는 gi 번호만 사용합니다. 결과를 다시 포설하고 `CDS 기능`을 확인하여 해당 추가 를 표시합니다. . 일부 위치를 무시하는 시드의 총 기지 수입니다.

더… 데이터베이스 검색에서 무시되는 베이스를 지정합니다. 더… 데이터베이스를 검색하는 데 사용되는 시드를 생성하는 동안 쿼리를 마스킹하지만 확장에는 적용되지 않습니다. 더… 일치 항목 수를 쿼리 범위로 제한합니다. 이 옵션은 쿼리의 한 부분과 일치하는 많은 경우 BLAST가 쿼리의 다른 부분에 약한 일치 항목을 표시하지 못할 수 있는 경우에 유용합니다. 알고리즘은 //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10890403 PHI 패턴을 입력하여 검색을 시작합니다.

PHI-BLAST는 거짓 긍정(상동성을 나타내지 않는 임의및 패턴 일치)을 필터링하기 때문에 간단한 패턴 검색보다 더 나은 성능을 나타낼 수 있습니다. 서열의 아미노산 조성을 보상하는 매트릭스 조절 방법. 더… 이 제목은 모든 BLAST 결과 및 저장된 검색에 나타납니다. (f) “인용 및 해당 규칙 나열” 열. “인용 및 적용 규칙 나열” 열은 본질적으로 비규제이며 정보 제공 및 탐색 목적으로만 제공됩니다.